「友情コンボ」を使用した時、自分のサポートにある「神機閃甲 神威」のトラッシュ効果を使い裏向きにした場合、2回目の友情コンボの「戻したカード1枚につき」は1回目の戻したカードも数えていいの？

いいえ、数えてはいけません。例えば1回目の「友情コンボ」でトラッシュのカード3枚をデッキの下に戻し、2回目の「友情コンボ」でトラッシュのカード1枚をデッキの下に戻したとします。その場合、1回目が「BP+6」、2回目が「BP+2」となり、最終的な合計BPは「+8」になります。